PubMLST — открытые базы данных для молекулярной типизации и изучения микробного разнообразия

PubMLST — это международный ресурс, предоставляющий бесплатный доступ к крупным, проверенным базам данных, посвящённым геномике микроорганизмов. Сайт представляет собой центральную платформу для хранения, анализа и обмена данными по более чем 140 видам и родам бактерий, объединяя последовательности генов, профили молекулярной типизации и информацию о происхождении и фенотипе изолятов.

Что делает PubMLST уникальным?

PubMLST отличается от других ресурсов тем, что он не просто архивирует данные, а систематически интегрирует их с подробной информацией о происхождении штаммов, клинических характеристиках и эпидемиологических данных. Это позволяет исследователям проводить глубокий анализ динамики распространения инфекций, выявлять патогенные линии и изучать эволюцию микроорганизмов в реальном времени.

• Большой объём данных: на сегодняшний день в базах хранится более 44 миллионов аллелей, 1,8 миллиона изолятов и 1,3 миллиона полных геномов.
• Поддержка молекулярной типизации: платформа предоставляет инструменты для определения профилей MLST (Multi-Locus Sequence Typing) и других методов типирования.
• Инструменты для идентификации видов: пользователи могут использовать ribosomal MLST для точного определения вида бактерии по её геномной последовательности.

Основные направления работы

PubMLST организует специализированные базы данных для ключевых патогенов, включая:

• Менингит-ассоциированные возбудители: Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Group B streptococci (GBS).
• Половые инфекции: Neisseria gonorrhoeae, Chlamydiales spp., Mycoplasma genitalium, Treponema pallidum.

Также сайт поддерживает тесное сотрудничество с другими научными центрами, такими как Institut Pasteur в Париже, которые используют ту же программную платформу (BIGSdb), что обеспечивает единый стандарт обработки данных на международном уровне.

Как участвовать?

PubMLST активно приглашает учёных и лаборатории к участию в сборе данных. Исследователи могут отправлять свои данные в виде аллелей, профилей MLST или полных изолятов — с геномной информацией или без неё. Это способствует росту объёмов данных и повышению точности анализа на глобальном уровне.

Ссылки на данные и цитирование

Для корректного использования данных из PubMLST рекомендуется ссылаться на исследование Jolley et al. 2018, опубликованное в журнале Wellcome Open Research. Это важно для академической честности и поддержания научного сообщества.

Контактная информация

Контакт: Свяжитесь с командой PubMLST для комментариев, предложений или вопросов о сайте и базах данных.

Цитирование: Jolley et al. 2018 Wellcome Open Res 3:124

Поддержка: Институт Пастера (Париж) — партнёр по разработке платформы BIGSdb, используемой как на PubMLST, так и на их собственных серверах.

Разработка сайта: Manta Ray Media

• charset: utf-8
• name: description content: A collection of open-access, curated databases that integrate population sequence data with provenance and phenotype information for over 100 different microbial species and genera.
• name: rights content: Manta Ray Media & PubMLST
• property: og:site_name content: PubMLST
• property: og:type content: Home
• property: og:title content: PubMLST - Public databases for molecular typing and microbial genome diversity
• name: twitter:card content: summary
• name: twitter:title content: PubMLST
• name: twitter:site content: @PubMLST
• name: twitter:description content: Public databases for molecular typing and microbial genome diversity
• name: twitter:image content: http://pubmlst.org/sites/default/files/content/cards/images/2020-08/rMLST_sunburst.png
• name: Generator content: Drupal 10 (https://www.drupal.org)
• name: MobileOptimized content: width
• name: HandheldFriendly content: true
• name: viewport content: width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no
• equiv: x-ua-compatible content: ie=edge
• name: msapplication-TileColor content: #193658
• name: theme-color content: #002147

• Skip to main content
• My Account
• Home
• http://pubmlst.org/organisms
• http://pubmlst.org/species-id
• About us
• Updates
• http://pubmlst.org/site-accounts
• http://pubmlst.org/submit-data
• http://pubmlst.org/projects/gmgl
• http://pubmlst.org/sti
• Get in touch with us
• https://bsky.app/profile/pubmlst.org
• Disclaimer & Privacy
• Cookies
• Terms & Conditions

• https://bigsdb.pasteur.fr/
• Jolley 
• https://www.youtube.com/@pubmlst
• https://wellcome.ac.uk/
• Manta Ray Media

            Domain Name: PUBMLST.ORG
Registrar: Easyspace Limited
Domain Status: client transfer prohibited
Domain Status: client update prohibited
Registry Expiry Date: 2033-08-04T15:57:11.981Z
Creation Date: 2003-08-04T15:57:11.981Z
Updated Date: 2023-08-12T08:00:23.113Z
Name Server: DNS0.OX.AC.UK
Name Server: DNS2.OX.AC.UK
REGISTRAR Contact: Easyspace Limited
>>> Last update of RDAP database: 2026-05-19T23:21:57Z         

			#
# robots.txt
#
# This file is to prevent the crawling and indexing of certain parts
# of your site by web crawlers and spiders run by sites like Yahoo!
# and Google. By telling these "robots" where not to go on your site,
# you save bandwidth and server resources.
#
# This file will be ignored unless it is at the root of your host:
# Used:    http://example.com/robots.txt
# Ignored: http://example.com/site/robots.txt
#
# For more information about the robots.txt standard, see:
# http://www.robotstxt.org/robotstxt.html

User-agent: *
# CSS, JS, Images
Allow: /core/*.css$
Allow: /core/*.css?
Allow: /core/*.js$
Allow: /core/*.js?
Allow: /core/*.gif
Allow: /core/*.jpg
Allow: /core/*.jpeg
Allow: /core/*.png
Allow: /core/*.svg
Allow: /profiles/*.css$
Allow: /profiles/*.css?
Allow: /profiles/*.js$
Allow: /profiles/*.js?
Allow: /profiles/*.gif
Allow: /profiles/*.jpg
Allow: /profiles/*.jpeg
Allow: /profiles/*.png
Allow: /profiles/*.svg
# Directories
Disallow: /core/
Disallow: /profiles/
Disallow: /cgi-bin/
# Files
Disallow: /static/data.html
Disallow: /README.txt
Disallow: /web.config
Disallow: /bigsdb
Disallow: /bigsdb.pl
# Paths (clean URLs)
Disallow: /admin/
Disallow: /comment/reply/
Disallow: /filter/tips
Disallow: /node/add/
Disallow: /search/
Disallow: /user/register
Disallow: /user/password
Disallow: /user/login
Disallow: /user/logout
Disallow: /media/oembed
Disallow: /*/media/oembed
# Paths (no clean URLs)
Disallow: /index.php/admin/
Disallow: /index.php/comment/reply/
Disallow: /index.php/filter/tips
Disallow: /index.php/node/add/
Disallow: /index.php/search/
Disallow: /index.php/user/password
Disallow: /index.php/user/register
Disallow: /index.php/user/login
Disallow: /index.php/user/logout
Disallow: /index.php/media/oembed
Disallow: /index.php/*/media/oembed
        

Référencement technique

Référencement sur la page

Contenu et UX