PubMLST – otvorené databázy na molekulárne typovanie a štúdium mikrobiálnej diverzity

PubMLST je medzinárodný zdroj, ktorý poskytuje bezplatný prístup k rozsiahlym databázam mikrobiálnej genomiky, ktoré boli recenzované odborníkmi. Stránka poskytuje centrálnu platformu na ukladanie, analýzu a zdieľanie údajov o viac ako 140 bakteriálnych druhoch a rodoch, integruje génové sekvencie, profily molekulárnej typizácie a informácie o pôvode a fenotype izolátov.

Čo robí PubMLST jedinečným?

PubMLST sa líši od iných zdrojov v tom, že údaje nielen archivuje, ale systematicky ich integruje s podrobnými informáciami o pôvode kmeňov, klinických charakteristikách a epidemiologických údajoch. To umožňuje výskumníkom vykonávať hĺbkovú analýzu dynamiky šírenia infekcií, identifikovať patogénne línie a študovať vývoj mikroorganizmov v reálnom čase.

• Veľké množstvo údajov:V súčasnosti je v databázach uložených viac ako 44 miliónov alel, 1,8 milióna izolátov a 1,3 milióna kompletných genómov.
• Podpora molekulárneho typovania: Platforma poskytuje nástroje na definovanie profilov MLST (Multi-Locus Sequence Typing) a iných metód písania.
• Nástroje na identifikáciu druhov: Používatelia môžu použiť ribozomálny MLST na presnú identifikáciu druhu baktérie na základe jej genómovej sekvencie.

Hlavné oblasti práce

PubMLST organizuje špecializované databázy pre kľúčové patogény vrátane:

• Patogény súvisiace s meningitídou: Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, streptokoky skupiny B (GBS).
• Sexuálne infekcie: Neisseria gonorrhoeae, Chlamydiales spp., Mycoplasma genitalium, Treponema pallidum.

Stránka tiež udržiava úzku spoluprácu s inými vedeckými centrami, ako je napríklad Institut Pasteur v Paríži, ktoré využívajú rovnakú softvérovú platformu (BIGSdb), ktorá zabezpečuje jednotný štandard pre spracovanie údajov na medzinárodnej úrovni.

Ako sa zúčastniť?

PubMLST aktívne pozýva vedcov a laboratóriá, aby sa podieľali na zbere údajov. Výskumníci môžu odoslať svoje údaje ako alely, profily MLST alebo úplné izoláty – s genomickými informáciami alebo bez nich. To prispieva k rastúcemu objemu údajov a zvýšeniu presnosti analýzy na globálnej úrovni.

Odkazy na údaje a citácie

Pre správne použitie údajov z PubMLST sa odporúča pozrieť si štúdiu odJolley et al. 2018zverejnené v Welcome Open Research. Je to dôležité pre akademickú integritu a udržanie vedeckej komunity.

Kontaktné informácie

Kontakt: Kontaktujte tím PubMLST pre pripomienky, návrhy alebo otázky týkajúce sa lokality a databáz.

Citácia: Jolley et al. 2018 Welcome Open Res 3:124

Podpora: Institut Pasteur (Paríž) je partnerom pri vývoji platformy BIGSdb, ktorá sa používa na PubMLST aj na ich vlastných serveroch.

Vývoj stránok: Manta Ray Media

• charset: utf-8
• name: description content: A collection of open-access, curated databases that integrate population sequence data with provenance and phenotype information for over 100 different microbial species and genera.
• name: rights content: Manta Ray Media & PubMLST
• property: og:site_name content: PubMLST
• property: og:type content: Home
• property: og:title content: PubMLST - Public databases for molecular typing and microbial genome diversity
• name: twitter:card content: summary
• name: twitter:title content: PubMLST
• name: twitter:site content: @PubMLST
• name: twitter:description content: Public databases for molecular typing and microbial genome diversity
• name: twitter:image content: http://pubmlst.org/sites/default/files/content/cards/images/2020-08/rMLST_sunburst.png
• name: Generator content: Drupal 10 (https://www.drupal.org)
• name: MobileOptimized content: width
• name: HandheldFriendly content: true
• name: viewport content: width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no
• equiv: x-ua-compatible content: ie=edge
• name: msapplication-TileColor content: #193658
• name: theme-color content: #002147

• Skip to main content
• My Account
• Home
• http://pubmlst.org/organisms
• http://pubmlst.org/species-id
• About us
• Updates
• http://pubmlst.org/site-accounts
• http://pubmlst.org/submit-data
• http://pubmlst.org/projects/gmgl
• http://pubmlst.org/sti
• Get in touch with us
• https://bsky.app/profile/pubmlst.org
• Disclaimer & Privacy
• Cookies
• Terms & Conditions

• https://bigsdb.pasteur.fr/
• Jolley 
• https://www.youtube.com/@pubmlst
• https://wellcome.ac.uk/
• Manta Ray Media

            Domain Name: PUBMLST.ORG
Registrar: Easyspace Limited
Domain Status: client transfer prohibited
Domain Status: client update prohibited
Registry Expiry Date: 2033-08-04T15:57:11.981Z
Creation Date: 2003-08-04T15:57:11.981Z
Updated Date: 2023-08-12T08:00:23.113Z
Name Server: DNS0.OX.AC.UK
Name Server: DNS2.OX.AC.UK
REGISTRAR Contact: Easyspace Limited
>>> Last update of RDAP database: 2026-05-19T23:21:57Z         

			#
# robots.txt
#
# This file is to prevent the crawling and indexing of certain parts
# of your site by web crawlers and spiders run by sites like Yahoo!
# and Google. By telling these "robots" where not to go on your site,
# you save bandwidth and server resources.
#
# This file will be ignored unless it is at the root of your host:
# Used:    http://example.com/robots.txt
# Ignored: http://example.com/site/robots.txt
#
# For more information about the robots.txt standard, see:
# http://www.robotstxt.org/robotstxt.html

User-agent: *
# CSS, JS, Images
Allow: /core/*.css$
Allow: /core/*.css?
Allow: /core/*.js$
Allow: /core/*.js?
Allow: /core/*.gif
Allow: /core/*.jpg
Allow: /core/*.jpeg
Allow: /core/*.png
Allow: /core/*.svg
Allow: /profiles/*.css$
Allow: /profiles/*.css?
Allow: /profiles/*.js$
Allow: /profiles/*.js?
Allow: /profiles/*.gif
Allow: /profiles/*.jpg
Allow: /profiles/*.jpeg
Allow: /profiles/*.png
Allow: /profiles/*.svg
# Directories
Disallow: /core/
Disallow: /profiles/
Disallow: /cgi-bin/
# Files
Disallow: /static/data.html
Disallow: /README.txt
Disallow: /web.config
Disallow: /bigsdb
Disallow: /bigsdb.pl
# Paths (clean URLs)
Disallow: /admin/
Disallow: /comment/reply/
Disallow: /filter/tips
Disallow: /node/add/
Disallow: /search/
Disallow: /user/register
Disallow: /user/password
Disallow: /user/login
Disallow: /user/logout
Disallow: /media/oembed
Disallow: /*/media/oembed
# Paths (no clean URLs)
Disallow: /index.php/admin/
Disallow: /index.php/comment/reply/
Disallow: /index.php/filter/tips
Disallow: /index.php/node/add/
Disallow: /index.php/search/
Disallow: /index.php/user/password
Disallow: /index.php/user/register
Disallow: /index.php/user/login
Disallow: /index.php/user/logout
Disallow: /index.php/media/oembed
Disallow: /index.php/*/media/oembed
        

Technické SEO

SEO na stránke

Obsah a UX