pubmlst.org
RegisteredPubMLST — открытые базы данных для молекулярной типизации и изучения микробного разнообразия PubMLST — это международный ресурс, предоставляющий бесплатный доступ к крупным, провер...
pubmlst.org Website screenshot
Website Description
PubMLST — открытые базы данных для молекулярной типизации и изучения микробного разнообразия
PubMLST — это международный ресурс, предоставляющий бесплатный доступ к крупным, проверенным базам данных, посвящённым геномике микроорганизмов. Сайт представляет собой центральную платформу для хранения, анализа и обмена данными по более чем 140 видам и родам бактерий, объединяя последовательности генов, профили молекулярной типизации и информацию о происхождении и фенотипе изолятов.
Что делает PubMLST уникальным?
PubMLST отличается от других ресурсов тем, что он не просто архивирует данные, а систематически интегрирует их с подробной информацией о происхождении штаммов, клинических характеристиках и эпидемиологических данных. Это позволяет исследователям проводить глубокий анализ динамики распространения инфекций, выявлять патогенные линии и изучать эволюцию микроорганизмов в реальном времени.
- Большой объём данных: на сегодняшний день в базах хранится более 44 миллионов аллелей, 1,8 миллиона изолятов и 1,3 миллиона полных геномов.
- Поддержка молекулярной типизации: платформа предоставляет инструменты для определения профилей MLST (Multi-Locus Sequence Typing) и других методов типирования.
- Инструменты для идентификации видов: пользователи могут использовать ribosomal MLST для точного определения вида бактерии по её геномной последовательности.
Основные направления работы
PubMLST организует специализированные базы данных для ключевых патогенов, включая:
- Менингит-ассоциированные возбудители: Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Group B streptococci (GBS).
- Половые инфекции: Neisseria gonorrhoeae, Chlamydiales spp., Mycoplasma genitalium, Treponema pallidum.
Также сайт поддерживает тесное сотрудничество с другими научными центрами, такими как Institut Pasteur в Париже, которые используют ту же программную платформу (BIGSdb), что обеспечивает единый стандарт обработки данных на международном уровне.
Как участвовать?
PubMLST активно приглашает учёных и лаборатории к участию в сборе данных. Исследователи могут отправлять свои данные в виде аллелей, профилей MLST или полных изолятов — с геномной информацией или без неё. Это способствует росту объёмов данных и повышению точности анализа на глобальном уровне.
Ссылки на данные и цитирование
Для корректного использования данных из PubMLST рекомендуется ссылаться на исследование Jolley et al. 2018, опубликованное в журнале Wellcome Open Research. Это важно для академической честности и поддержания научного сообщества.
Часто задаваемые вопросы (FAQ)
Какие данные доступны на PubMLST?
На сайте представлены открытые, проверенные базы данных, содержащие последовательности аллелей, профили молекулярной типизации, информацию о происхождении штаммов, фенотипические данные и полные геномы более чем 140 видов и родов микроорганизмов.
Нужно ли регистрироваться, чтобы получить доступ к данным?
Да, с 1 января 2025 года регистрация обязательна для доступа к данным, добавленным после 31 декабря 2024 года, включая аллели, профили и изоляты.
Какие бактерии представлены в базах данных?
Среди представленных возбудителей — патогены, вызывающие менингит (менингококк, пневмококк, Haemophilus influenzae, GBS), а также возбудители инфекций, передающихся половым путём: Neisseria gonorrhoeae, Chlamydiales spp., Mycoplasma genitalium, Treponema pallidum.
Можно ли отправить свои данные на PubMLST?
Да, сайт принимает заявки от исследовательских групп. Можно отправлять аллельные последовательности, профили MLST или записи изолятов — как с, так и без геномных данных.
Что такое ribosomal MLST?
Это метод идентификации бактериальных видов по последовательностям рибосомальных генов. Он позволяет точно определить вид по геномной сборке даже при отсутствии классических фенотипических признаков.
Контактная информация
Контакт: Свяжитесь с командой PubMLST для комментариев, предложений или вопросов о сайте и базах данных.
Цитирование: Jolley et al. 2018 Wellcome Open Res 3:124
Поддержка: Институт Пастера (Париж) — партнёр по разработке платформы BIGSdb, используемой как на PubMLST, так и на их собственных серверах.
Разработка сайта: Manta Ray Media
Main Information
Server Information
Meta Tags List
- charset: utf-8
- name: description content: A collection of open-access, curated databases that integrate population sequence data with provenance and phenotype information for over 100 different microbial species and genera.
- name: rights content: Manta Ray Media & PubMLST
- property: og:site_name content: PubMLST
- property: og:type content: Home
- property: og:title content: PubMLST - Public databases for molecular typing and microbial genome diversity
- name: twitter:card content: summary
- name: twitter:title content: PubMLST
- name: twitter:site content: @PubMLST
- name: twitter:description content: Public databases for molecular typing and microbial genome diversity
- name: twitter:image content: http://pubmlst.org/sites/default/files/content/cards/images/2020-08/rMLST_sunburst.png
- name: Generator content: Drupal 10 (https://www.drupal.org)
- name: MobileOptimized content: width
- name: HandheldFriendly content: true
- name: viewport content: width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no
- equiv: x-ua-compatible content: ie=edge
- name: msapplication-TileColor content: #193658
- name: theme-color content: #002147
Internal Links
External Links
Whois Information
Whois Raw Data
Domain Name: PUBMLST.ORG
Registrar: Easyspace Limited
Domain Status: client transfer prohibited
Domain Status: client update prohibited
Registry Expiry Date: 2033-08-04T15:57:11.981Z
Creation Date: 2003-08-04T15:57:11.981Z
Updated Date: 2023-08-12T08:00:23.113Z
Name Server: DNS0.OX.AC.UK
Name Server: DNS2.OX.AC.UK
REGISTRAR Contact: Easyspace Limited
>>> Last update of RDAP database: 2026-05-19T23:21:57Z
Robots.txt
#
# robots.txt
#
# This file is to prevent the crawling and indexing of certain parts
# of your site by web crawlers and spiders run by sites like Yahoo!
# and Google. By telling these "robots" where not to go on your site,
# you save bandwidth and server resources.
#
# This file will be ignored unless it is at the root of your host:
# Used: http://example.com/robots.txt
# Ignored: http://example.com/site/robots.txt
#
# For more information about the robots.txt standard, see:
# http://www.robotstxt.org/robotstxt.html
User-agent: *
# CSS, JS, Images
Allow: /core/*.css$
Allow: /core/*.css?
Allow: /core/*.js$
Allow: /core/*.js?
Allow: /core/*.gif
Allow: /core/*.jpg
Allow: /core/*.jpeg
Allow: /core/*.png
Allow: /core/*.svg
Allow: /profiles/*.css$
Allow: /profiles/*.css?
Allow: /profiles/*.js$
Allow: /profiles/*.js?
Allow: /profiles/*.gif
Allow: /profiles/*.jpg
Allow: /profiles/*.jpeg
Allow: /profiles/*.png
Allow: /profiles/*.svg
# Directories
Disallow: /core/
Disallow: /profiles/
Disallow: /cgi-bin/
# Files
Disallow: /static/data.html
Disallow: /README.txt
Disallow: /web.config
Disallow: /bigsdb
Disallow: /bigsdb.pl
# Paths (clean URLs)
Disallow: /admin/
Disallow: /comment/reply/
Disallow: /filter/tips
Disallow: /node/add/
Disallow: /search/
Disallow: /user/register
Disallow: /user/password
Disallow: /user/login
Disallow: /user/logout
Disallow: /media/oembed
Disallow: /*/media/oembed
# Paths (no clean URLs)
Disallow: /index.php/admin/
Disallow: /index.php/comment/reply/
Disallow: /index.php/filter/tips
Disallow: /index.php/node/add/
Disallow: /index.php/search/
Disallow: /index.php/user/password
Disallow: /index.php/user/register
Disallow: /index.php/user/login
Disallow: /index.php/user/logout
Disallow: /index.php/media/oembed
Disallow: /index.php/*/media/oembed
SEO Audit
Technical SEO
On-Page SEO
Content and UX
Positions in Google
Search Phrases - Google
| Position | Phrase | Page | Snippet |
|---|---|---|---|
| 10 | / | ||
| 15 | / | ||
| 23 | /organisms/staphyloc... | ||
| 23 | /organisms/streptoco... | ||
| 29 | / |